Döner Sermaye İşletmesi Yönetmeliğinde, değişiklik yapılmasına dair yönetmelik 16/11/2006 tarihinde 26348 sayılı Resmi Gazetede yayınlanarak yürürlüğe girmiştir. Müdürlüğümüz, ilk faaliyetine 2001 yılında Denizcilik Müsteşarlığı Merkez binasının 4. katında başlamış olup, 2003 yılında Denizcilik Müsteşarlığı Ek Hizmet binası 5. katında, ardından da 2006 yılında 1. kata taşınmak suretiyle hizmetlerine devam etmektedir.